1995年12月に創立。大分県別府市でスペシャルオリンピックス日本・大分の活動が始まりました。
現会長 内野順一氏と初代事務局長 故野田孝子氏のお二人の出会いにより活動の種がまかれました。陸上競技からスピードスケート、フィギュアスケートのスポーツプログラムへと広がり、それと共に知的障がいのある選手(アスリート)とボランティアのコーチがひとりふたりと少しずつ増えていきました。
創立から19年後の2014年12月には、「特定非営利活動法人スペシャルオリンピックス日本・大分」と法人化し、新しいスタートを切りました。現在では、大分市、別府市、佐伯市で11のスポーツプログラムと夏季・冬季の地区競技大会を毎年、実施しています。大分県内で約７０名のアスリートと１50名以上のボランティアやコーチ、そしてアスリートのご家庭(ファミリー)の皆さんで日々の活動を楽しんでいます。私たちは、これから出会う多くの仲間たちを心待ちにしています。